当我们千辛万苦地使用BA-Capture录制多组数据,同时顺利在BA-Analyzer中完成了数据处理后,满心欢喜地打开BA-Explorer准备进行数据分析迎来Happy Ending。
千万别忘记在正式分析前做质量控制
在数据分析之前进行质量控制(Quality Control, QC)是确保研究结果可靠性和有效性的关键步骤。质量控制的目的是识别和纠正数据中的错误、偏差或异常值,从而提高数据质量。
如何对BA-Analyzer处理的数据进行质量控制呢?
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1. 快速查看数据质量
简略的质量控制可以快速查看所有样本的速度轨迹热图【Visualization/Speed Trajectory Heatmap】,可以一定程度上展示3D重建效果。如果有样本的速度轨迹热图不符合旷场形状或者有明显偏移的运动轨迹,需要参考下一步骤内容进一步检查该样本3D重建效果。
注意在查看数据质量时需要在【Visualization/Body Parts】的身体点列勾选所有身体点(此为默认设置)。
2. 检查3D重建效果
3D重建结果保存为Analyzer工程的【results/3Dskeleton】文件夹中的c3d文件,查看该结果的方法有两种,一是将数据导入Explorer软件中,勾选【Visualization/3D Skeleton】,逐个检查样本的3D重建效果;二是下载Mokka软件(详情可见Mokka使用教程,教程访问密码:wAZl)打开c3d文件。
下图为单个示例样本的在Mokka软件中的3D重建骨架图,可以看到整体轨迹符合圆形旷场的形状,并且关键点轨迹较为一致,没有明显的偏离轨迹,这样的样本可以认为3D重建效果较好。
常见问题:
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轨迹不水平
原因:部分关键点轨迹偏移导致水平方向的判断错误,或着数据处理时没有选择进行水平较准(默认进行水平较准)
解决方案:标准化分析中轨迹是否水平仅影响3D重建结果可视化效果,不影响分析结果(如果分析对高度有特殊要求请与工作人员联系咨询) -
轨迹有连续、短促的平移线条
原因:这种线条大多是关键点在相邻帧的追踪中有一定偏移,导致了轨迹的抖动。
解决方案:3D重建结果中是未经处理的原始位移数据,软件分析中会自动对数据进行滤波处理,因此这种轨迹不会影响后续分析。 -
部分关键点的轨迹出现明显偏移
原因:一般出现明显偏移的关键点为尾巴点(root_tail、mid_tail、tip_tail),尾巴在视频中体积较小、活动较频繁,因此可能导致部分样本的尾巴追踪不准确。
解决方案:标准化分析中基本不涉及尾巴点的数据,因此只有尾巴的轨迹出现偏移时不会影响后续分析;如果是其他关键点有明显偏移,考虑剔除样本或进行数据标注重新训练模型。
3. 检查动作聚类均一性
动作聚类的结果保存在【results/VideoSeg】文件夹中,其中1-40号文件夹为40类动作在所有样本中的所有片段,【video_cluster#1-40.avi】文件为对应动作部分片段的合成视频,便于快速查看该动作。
在质量控制中可以浏览合成视频来快速判断40类动作的均一性,一般认为视频中80%的片段行为一致时认为该类动作均一性较好;如果某类动作中小鼠为身体蜷缩的体态,如Grooming(梳理毛发)等,60-70%的片段行为一致时即可认为均一性较好。
通常情况下,如果所有样本的3D重建效果较好,动作聚类不容易出现均一性差的情况。
当你完成以上质量控制步骤并且发现数据质量非常不错。恭喜你!你离获得结果只有一步之遥了