Image J玩转动物行为学分析🐭科研党必看!

Image J 让动物行为学轨迹追踪超简单

厌倦昂贵的行为分析系统?利用你手边的设备,配合强大的免费软件ImageJ,即可精准追踪动物活动,获取关键行为数据!Image J 让动物行为学轨迹追踪超简单

:wrench: 核心工具与环境搭建 (极简配置)

计算平台: 普通个人电脑(Windows即可)

影像捕捉: 标准摄像头很便宜!(甚至智能手机配合支架即可满足基础需求)

核心软件:ImageJ

关键插件: Animal Tracker (简便安装,见下文指引)

:camera_flash: 实操 5 步搞定

:rocket: 动物运动轨迹追踪操作流程

:bulb: 高阶技巧

  • 拍摄要求:纯色白色/浅色背景+黑色小鼠

  • 精度优化:调整 Threshold 适应光照

:package: 资源获取

  • ImageJ下载:ImageJ官网直接 “download”

  • 插件安装: 〉 下载 Animal_Tracker.jar 〉 放入 plugins 文件夹 → 立刻生效!

  • 有问题我们评论区见!

:one: ImageJ导入视频 → 启动 ImageJ → 直接拖入实验视频 → 关键设置:可勾选 Convert to Grayscale

:two:划定分析区域 → 点击Animal Tracker 调用插件追踪动物→ 点击Set active image选择视频

随后划定分析区域

Set Tracking Area→ 矩形工具框选活动分析的区域 → 绿色边界框自动生成

:three: 阈值范围设置

→ 点击Set threshold

→设置合适阈值 → 追踪小鼠,小鼠变成红色就可以啦

:four: 目标识别校准 → 启用 Set Blob Detector → 单击动物 → 红色检测框锁定目标

:five: 自动化追踪执行 → 运行 Start Tracking → 等进度条跑完,系统自动生成轨迹线(躺平收数据:sparkles:), 导出 txt文件,含小鼠运动的X/Y坐标

关于 Image J 导入 AVI 视频的注意事项

  1. 支持格式限制
    Image J 默认自带的 AVI Reader 功能仅支持未压缩的 AVI采用 MJPG 视频编码器的 AVI格式,其他编码格式的 AVI 可能无法正常打开。

  2. 解决方案

  • 可通过安装 FFmpeg 工具(需一定代码基础)或其他视频转换工具,将无法导入的 AVI 视频转换为MJPG 编码的 AVI 格式,转换后可正常导入 Image J(经测试有效)。
  • 尝试为 Image J 安装 FFmpeg 插件以支持更多格式,但目前该方法的实操成功率较低,若成功可进一步交流经验。