JTGG丨AI 让小鼠行为学“看得更细”:Shank3B 自闭症模型的行为表型解读

本研究将传统行为实验(三箱社交、旷场、高架十字、自我梳理实验)与无标记姿态估计和基于无监督聚类的 3D 行为分析进行整合,在这些传统行为分析基础上加以拓展,使传统数据产生了新的信息量。这种扩展方式Shank3B KO 小鼠的行为异常从“社交少、梳理多、焦虑高”推进到“行为状态更受限、转换更偏向、探索结构更贫乏”的层面。

自闭症谱系障碍(Autism Spectrum Disorder, ASD)是一类高度异质性的神经发育障碍,遗传因素在其中占有重要位置。SHANK3 是目前公认的 ASD 高风险基因之一,它编码突触后致密区的支架蛋白,参与突触形成和谷氨酸受体调控。人类 SHANK3 突变与社交障碍、重复刻板行为和感觉异常等症状密切相关,因此 Shank3 突变小鼠常被用于研究 ASD 的神经机制和药物干预。

当前主流的行为评估依赖于粗糙的总结性指标——例如三箱社交实验看小鼠在哪个区域停留更久,旷场实验看中心区停留时间,高架十字迷宫看进入开放臂的次数,自我梳理实验看总梳理时长。这些指标可靠,但不够细。很多行为异常并不是简单地“多了”或“少了”,而是动作结构、行为转换和状态组织方式发生了变化。

近期,一项由第四军医大学基础医学院神经生物学教研室团队主导的研究 “Machine learning-enhanced behavioral profiling improves phenotypic screening in a genetic mouse model of autism spectrum disorder” 围绕着这个痛点展开:在经典行为学实验的基础上,引入机器学习和无标记姿态估计,把小鼠行为从“总量统计”推进到“结构解析”。 本文发表于《Journal of Translational Genetics and Genomics》,刘俊宇、沈程程为共同一作者,郭保霖教授为通讯作者。

研究使用 8-12 周龄成年雄性 Shank3B 敲除小鼠和同窝野生型小鼠,所有动物接受四类行为测试:三箱社交、自我梳理、旷场和高架十字迷宫,并且在传统指标之外加入更高分辨率的行为特征分析。 通过视频行为提取、无监督聚类、状态转换分析和监督分类器,试图回答一个更深的问题:疾病相关行为是否可以被描述为一组稳定的“行为状态组织异常”,而不仅仅是某几个传统指标的改变?

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Shank3B-/- 小鼠表现出受损的社交能力和社交新奇识别

在三箱社交实验中,研究者观察到与该模型既往报道一致的社交缺陷。WT 小鼠在社交期对含陌生鼠的室表现出明显偏好,而 KO 小鼠无显著偏好。这说明 KO 小鼠存在社交动机和社交新奇识别方面的缺陷。进一步的精细分析显示,KO 小鼠不仅社交时间减少,还更多停留在僵化、低活动或非探索状态,行为状态转换也更倾向于从运动转入静止或冻结,而不是进入探索状态。 此外,基于机器学习分类器的行为特征也能可靠分离基因型。

图 1. 机器学习增强行为分析揭示了 Shank3B KO 小鼠的社交能力和社会新颖性认知受损

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Shank3B-/- 小鼠表现出增加的理毛刻板和简化的行为结构

在自我梳理实验中,KO 小鼠的总梳理时间增加,符合 ASD 模型中重复刻板行为增强的特点。但更细的分析发现,这种增加并不是所有梳理动作都同步增加,而是特定动作成分发生偏移,例如腿部舔舐增加、身体梳理减少。 对理毛微观结构进行降维和聚类,识别出 5 个稳定的行为簇(C0-C4):其中 C3 理毛由多种理毛行为组成,C4 以身体理毛为主。C3 在 KO 小鼠中显著富集,而 C4 在 WT 小鼠中显著富集,表明 KO 小鼠的理毛行为更具重复性且组成多样性更低。

图 2. Shank3B KO 小鼠的梳理刻板印象增加和行为结构简化

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Shank3B-/- 小鼠在旷场中表现出焦虑样和低多样性探索行为

标准旷场指标显示 KO 小鼠有焦虑样表型:明显的沿墙运动轨迹、中央区时间和距离减少、中央进入次数减少、总运动距离减少,跨区域运动速度也显著降低。轨迹分析显示 KO 小鼠路径熵降低、小角度转弯偏移、总转弯次数减少,表明运动模式更可预测和刻板。进一步的时间分辨指数也表明 KO 小鼠在整个测试期间焦虑评分持续升高且探索驱动力降低。

图 3. 开放性实验中 Shank3B KO 小鼠的焦虑样和低多样性探索行为

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Shank3B-/- 小鼠在高架十字迷宫中表现出增强的风险回避行为组织

高架十字迷宫测试显示 KO 小鼠焦虑样行为:开放臂时间、距离和进入次数减少,总运动距离减少。封闭臂中运动速度降低,开放臂中适度增加。行为组成分析显示 KO 小鼠风险回避行为状态比例更高,站立行为减少。且 KO 小鼠偏好在封闭臂状态间循环,较少转换到运动和探索状态。

图 4. 高架十字迷宫试验中 Shank3B KO 小鼠风险回避行为组织的增强

这项研究最大的亮点,是把 3D-AI 无监督行为分析嵌入到经典行为学范式中,而不是另起炉灶设计一套完全陌生的实验系统。三箱、旷场、高架十字迷宫和梳理实验都是神经行为学中非常常用的工具,具有较强的可重复性和文献基础。作者在这些传统行为分析基础上加以拓展,使传统数据产生了新的信息量。 另外,研究者关注行为结构,而不只是行为数量,这种分析方式更符合神经系统控制行为的真实逻辑。

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参考文献:

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Liu J, Shen C, Yang T, Li K, Xi K, Guo B. Machine learning-enhanced behavioral profiling improves phenotypic screening in a genetic mouse model of autism spectrum disorder. J Transl Genet Genom. 2026;10:327-42. Machine learning-enhanced behavioral profiling improves phenotypic screening in a genetic mouse model of autism spectrum disorder